Amurrio es un topónimo que aparece documentado de esa forma desde el siglo XI sin que haya tenido otras variantes conocidas, siendo históricamente utilizado tanto en lengua vasca como en castellano por tanto. Su origen y significado etimológico es desconocido.
Se ha tratado de buscar un origen etimológico al nombre de tipo descriptivo basado en la lengua vasca, pero las explicaciones asà conseguidas parecen bastante forzadas, como en los casos por ejemplo de amu urri (moras escasas) o (h)ar murru (muro/sierra de piedra); algunas de las explicaciones que se han llegado a proponer para explicar el origen etimológico del nombre Amurrio.
Sin embargo la mayor parte de los filólogos de prestigio que han estudiado el asunto opinan que Amurrio es un antropónimo. Koldo Mitxelena pensaba que Amurrio derivarÃa de un primitivo Amurriano transformado en Amurrio por mutación del sufijo -iano en -io. El fenómeno de la pérdida de la n intervocálica es un fenómeno muy habitual en la toponimia vasca y existe un caso Ochandiano->Otxandio, que se ajustarÃa como un guante al caso de Amurrio. Sin embargo esta hipótesis presenta el problema de que no está documentado Amurriano y que la forma Amurrio es muy antigua, lo que indicarÃa que este fenómeno se habrÃa producido en una época muy temprana, anterior a los otros casos documentados.
Sobre el supuesto nombre personal Amurri que estarÃa en el origen del topónimo, existió una población en el siglo IX llamada Amurrihuri en la zona de los Montes Obarenes en la Provincia de Burgos. Esta zona fue repoblada por vascos y el sufijo -(h)uri en lengua vasca es equivalente al castellano villa. Suele venir acompañado en ocasiones de nombres propios y en otras de nombres comunes. Aunque no vale para demostrar que Amurri fue un nombre propio, si que permite considerarla una hipótesis plausible. Alfonso Irigoyen apuntó la posibilidad de que este nombre estuviera relacionado con amurru que significa rabia en lengua vasca y que fue utilizado como sobrenombre en la Edad Media. Cita un Lop Amurru que vivió en Navarra en el siglo XIII.
El gentilicio de sus habitantes es amurriano/a en castellano y amurriarra en euskera, utilizándose este último también al hablar en castellano.